池原健二
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池原健二

[GADV]-タンパク質ワールド研究室 室長

    エピジェネティクスとGADV仮説?

    質問の人 近年、遺伝子のスイッチを着目する「エピジェネティクス」が研究されています。その中で、「エピジェネティックな目印には、DNAにつく目印(DNAメチル化)とヒストンにつく目印(ヒストン修飾)の2つが知られている」とあります。ヒストンがタンパク質であり、そこにDNAが巻き付いている点、DNAメチル化がCpG配列のCに認められる点は、始めにタンパク質ありきというGADV仮説、およびGNC-SNS […]

    「土星衛星エンケラドス模擬熱水環境でペプチド合成ができた」のインパクトは?

    質問の人 「土星衛星エンケラドス模擬熱水環境でペプチド合成ができた」という発表は、様々な環境でペプチド合成が可能であることを示唆していると思われるのですが、この点に関して、どのようにお考えでしょうか? 『土星衛星エンケラドス模擬熱水環境でペプチド合成ができた』ということは確かに様々な環境でペプチド合成が可能であることを示しています。『土星衛星エンケラドス模擬熱水環境』でアミノ酸が重合した(ペプチド […]

    アミノ酸なしのペプチド形成もタンパク質ワールドをサポートする?

    質問の人 ペプチドがアミノ酸なしで形成できるという発表に関して、生命の起源の観点からどのようにお考えでしょうか? この論文は、『ペプチドがアミノ酸ではなく、アシル-α-アミノニトリルを出発物質として合成できることを示した』ものです。確かに、アミノ酸を経由せずにアシル-α-アミノニトリルからペプチドができるということは、ペプチド形成がこれまで考えられていたものより容易にできた可能性のあることを示して […]

    ヒト微生物叢の未知タンパク質大量生成とタンパク質ワールドの相関?

    質問の人 ヒト微生物叢が未知のタンパク質を大量に生産していることが発表されました。これが事実だとすると、これはタンパク質ワールドをある意味で示唆していることになりませんか? 発表論文:https://www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674(19)30781-0 『ヒト微生物叢が未知のタンパク質を大量に生産している』ということは、我々がまだ知らない『未知のタンパク […]

    「対称性の自発的破れ」によるセントラルドグマの数理的説明とGADV仮説の矛盾性は?

    質問の人 セントラルドグマを「対称性の自発的破れ」から数理的に説明したとの論文が出ましたが、これは最初に触媒活性のあるRNAから双方向に分離してセントラルドグマが作られたと解釈されているように思います。これとGADV仮説は矛盾しないものでしょうか? 発表論文: https://royalsocietypublishing.org/doi/10.1098/rspb.2019.1359 論文に目を通し […]

    SiをCの代わりに使う生物がいたとしたら、GADVからの進化とは別系統になりますか?

    質問の人 Si(シリコン)はC(炭素)と同じ4価の元素です。今日、半導体の世界はSiがベースになっています。Cを用いた有機半導体はこれからですが、日々進展しています。 かようにSiとCは似た者同士です。であるならば、何かの拍子にSiをCの代わりに使う生物がいたりしないでしょうか? また、その場合には、[GADV]-アミノ酸をベースとしたものとは別系統の進化が存在するのではないでしょうか? 私にはC […]

    コドン表の異なる生物はいますか?

     質問の人 コドン表は「普遍遺伝暗号」とも呼ばれています。ということは、全生物で全く同じコドン表を使っているようにも感じられるのですが、コドン表が異なる生物は存在するのでしょうか?進化の過程でコドン表が完成されたということは、コドン表にも揺れがあるのではないかと……。 はい。ミトコンドリアや葉緑体などの細胞小器官ではその遺伝子を翻訳する際、現在多くの(ほとんどの)生物が使用する普遍遺伝暗号とは異な […]

    停止コドンのとの関係性はどうなっているのでしょうか?

    質問の人 GC-NSF(a)新規遺伝子生成仮説の中では、「停止コドンの出にくいのがGC含量の多いDNA配列」ということでした。だから、タンパク質を作りやすい。 とすれば、システムの初期段階で停止コドンという仕組みが先行して形成されていたと考えるのが妥当かと思いますが正しいでしょうか? また、なぜ あのコドンが停止コドンと決められたのでしょうか? GNC原初遺伝暗号が使用されていた頃の停止コドンにつ […]

    なぜコドンは重複しているのですか?

     質問の人 コドン表を見ると、複数のコドンで同じアミノ酸をコードしている(重複している)ことがわかります。これは一見するとすごく勿体ないことのように思えます。コドンとアミノ酸をもっと1:1で割り当ててやれば、さらに多くの種類のアミノ酸を活用したタンパク質ができそうな気がしますが、なぜコドンは重複しているのでしょうか? コドンが縮重している理由についてですが、私は次のように考えています。即 […]

    DNAのペアにて、なぜいつも特定の片方がセンスになるのですか?

    質問の人 DNAのペアにて、なぜいつも特定の片方がセンスになるのですか? 一つの生命の中で間違うことはないのですか? センスとアンチセンスはどこで決まっているのですか? DNAの2重鎖の一方の鎖だけに遺伝情報(タンパク質となるアミノ酸配列)のすべてがコードされている訳ではありません。ただ単に現在使用されているタンパク質のアミノ酸配列をコードしている部分をセンス鎖(その配列をセンス配列)と呼び、その […]