よくある質問・素朴な疑問

- よくある質問・素朴な疑問

tRNAの特異な形状は、ヌクレオチドの配列から決まってくるのですか?

tRNAの特異な形状として知られていますのは、二次構造としてのクローバーリーフ(クローバー葉)構造と三次構造としてのL字状構造 です。このクローバーリーフ構造は、塩基対の形成によって生み出されます。したがって、二次構造は間違いなくヌクレオチドの配列(または、塩基配列)によって決められています。 そして、tRNAのL字状構造は、クローバーリーフ構造が形成された後に、リーフ構造を形成した部分などが互い…

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GADV仮説に対する、別の角度からの傍証となるような他の研究がありますか?

GADV仮説に対する、別の角度から傍証となるような他の研究が行われるためには、まず、他の研究者がGADV仮説を支持することから始まります。現在、少しずつRNAワールドでは生命の起源を説明できないと考える研究者も増えてきてはいるのですが、他の研究者によってGADV仮説が十分な評価を受けているかと言いますと、残念ながらそれは「まだまだ」だと言わざるを得ません。そのため、現時点ではGADV仮説を実験的に…

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experiment
- よくある質問・素朴な疑問

GADV仮説を実証するにはどうしたら良いですか?

GADV 仮説の最大の弱点が、実験的な証拠の少ないことです。 そのためもあって、大石先生(G&L共生研究所所長)のご支援を受けて「けいはんなプラザラボ」の一室を借り実験を開始しているのです。 その中で、どのような実験をするのか(実証しようとしているのか)ということを説明しますと、 GADV 仮説で予測される 蒸発乾涸を繰り返すことで得られるGADVペプチドによる多様な触媒活性の存在 この実…

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Ser
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セリンのほうがより簡単なアミノ酸なのに、何故GADVなのですか?

確かに、セリンはアスパラギン酸やバリンよりも構造の簡単なアミノ酸ですし、原始地球でも合成されていたに違いないアミノ酸の一つです。なのに、GADV の中にセリンが使われていないのは、不思議に思われるかもしれません。その理由として、私は以下のように考えています。 セリンは、グリシンと同様、ターン/コイル形成アミノ酸です。そのため、構造の簡単なものから順に4つのアミノ酸を使用したとしますと、Gly, A…

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SivsC
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SiをCの代わりに使う生物がいたとしたら、GADVからの進化とは別系統になりますか?

私にはCを全く使わず、Cの代わりにSiを使う生物がこの宇宙のどこかにいるとは思えません。なぜなら、一般に軽い元素から順に重い元素の生成が起こるからです。即ち、Cが先に生まれ、Siはその後にしか生まれないのです。その上、Cで出来る化合物よりもSiを中心とする化合物の方が生物を作る上で好都合な性質を持っているとも思えません。 したがって、私にはこの宇宙のどこかで生まれるとすれば、Cを中心とした生物が生…

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codon
- よくある質問・素朴な疑問

コドン表の異なる生物はいますか?

はい。ミトコンドリアや葉緑体などの細胞小器官ではその遺伝子を翻訳する際、現在多くの(ほとんどの)生物が使用する普遍遺伝暗号とは異なる非普遍遺伝暗号を使用しています。また、Candida酵母や原生生物、細菌など少数の生物の中にも普遍遺伝暗号とは異なる暗号を使用するものが確かにいます。 そのため、現在多くの(ほとんどの)生物が使用している遺伝暗号を普遍遺伝暗号とは呼ばず標準遺伝暗号と呼ぶべきだという考…

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stop-codon
- よくある質問・素朴な疑問

停止コドンのとの関係性はどうなっているのでしょうか?

「停止コドンの出にくいのがGC含量の多いDNA配列ということでした。だから、タンパク質を作りやすい。とすれば、システムの初期段階で停止コドンという仕組みが先行して形成されていたと考えるのが妥当かと思いますが正しいでしょうか? また、なぜ あのコドンが停止コドンと決められたのでしょうか?」 GNC原初遺伝暗号が使用されていた頃の停止コドンについては次のように考えています。現在の翻訳系では、翻訳終結因…

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- よくある質問・素朴な疑問

なぜコドンは重複しているのですか?

コドンが縮重している理由についてですが、私は次のように考えています。即ち、遺伝暗号が縮重していることによって、センス側のアミノ酸に変化を及ぼすことなく(遺伝子がコードするタンパク質のアミノ酸配列に変化を及ぼさず)、コドンの第3塩基位置で塩基を置換することが可能となっています。そのような状況の中にあるからこそ、センス配列でコードされているタンパク質に影響を与えることなく、アンチセンス配列のコドンの第…

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sense_anti-sense
- よくある質問・素朴な疑問

DNAのペアにて、なぜいつも特定の片方がセンスになるのですか?

「DNAのペアにて、なぜいつも特定の片方がセンスになるのですか? 一つの生命の中で間違うことはないのですか? センスとアンチセンスはどこで決まっているのですか?」 DNAの2重鎖の一方の鎖だけに遺伝情報(タンパク質となるアミノ酸配列)のすべてがコードされている訳ではありません。ただ単に現在使用されているタンパク質のアミノ酸配列をコードしている部分をセンス鎖(その配列をセンス配列)と呼び、その反対側…

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mirror
- よくある質問・素朴な疑問

もし仮に私のアンチセンスですべてコードした場合、全く別の私が形成されますか?

現時点で、生きているすべての生物は、センス配列(現在遺伝子として使われている配列)がコードするタンパク質を使って生きています。また、アンチセンス配列がGC含量の高いものでない限り(ヒトゲノムのGC含量は約40%ですが)、その配列の中にAU含量の高い停止コドンが多く含まれることになります(したがって、十分な長さを持つタンパク質を合成することができなくなってしまいます)。 また、当然のことなのですが、…

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