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よくある質問・素朴な疑問

    ヒト微生物叢の未知タンパク質大量生成とタンパク質ワールドの相関?

    質問の人 ヒト微生物叢が未知のタンパク質を大量に生産していることが発表されました。これが事実だとすると、これはタンパク質ワールドをある意味で示唆していることになりませんか? 発表論文:https://www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674(19)30781-0 『ヒト微生物叢が未知のタンパク質を大量に生産している』ということは、我々がまだ知らない『未知のタンパク […]

    「対称性の自発的破れ」によるセントラルドグマの数理的説明とGADV仮説の矛盾性は?

    質問の人 セントラルドグマを「対称性の自発的破れ」から数理的に説明したとの論文が出ましたが、これは最初に触媒活性のあるRNAから双方向に分離してセントラルドグマが作られたと解釈されているように思います。これとGADV仮説は矛盾しないものでしょうか? 発表論文: https://royalsocietypublishing.org/doi/10.1098/rspb.2019.1359 論文に目を通し […]

    tRNAの特異な形状は、ヌクレオチドの配列から決まってくるのですか?

     質問の人 tRNA(転移RNA、transfer RNA)はとても妙な形をしていますが、ヌクレオチドの配列から形が決まってくるのでしょうか?あの形でないとうまく機能しないのでしょうか? tRNAの特異な形状として知られていますのは、二次構造としてのクローバーリーフ(クローバー葉)構造と三次構造としてのL字状構造です。このクローバーリーフ構造は、塩基対の形成によって生み出されます。したがって、二次 […]

    DNAのチミンは、RNAでは何故ウラシルに変わるのですか?

     質問の人 DNAでアデニン(A)、グアニン(G)、シトシン(C)、チミン(T)の4種類の塩基が使われているのはわかります。それなのに、RNAになると、さらっとチミンがウラシル(U)に代わっています。それに対する説明も。特に見たことはありません。4種類のうち、一つだけが入れ替わっているなんて、どう考えても不思議なんですが? この点につきましては、一般的には次のように考えられています(私も同意見です […]

    GADV仮説に対する、別の角度からの傍証となるような他の研究がありますか?

    質問の人 GADV仮説が正しそうだと思えても、それを支持する他の手法なりデータが出てこないと、たくさんの人の納得や理解が得られないのではないでしょうか? GADV仮説の傍証となるような研究は進んでいるのでしょうか? GADV仮説に対する、別の角度から傍証となるような他の研究が行われるためには、まず、他の研究者がGADV仮説を支持することから始まります。現在、少しずつRNAワールドでは生命の起源を説 […]

    GADV仮説を実証するにはどうしたら良いですか?

     質問の人 GADV仮説に説得力があるととしても、それが実証できないとなかなか多くの人々の納得を得るのは難しいのではないでしょうか?実験的な実証ができないものでしょうか? GADV 仮説の最大の弱点が、実験的な証拠の少ないことです。 そのためもあって、大石先生(G&L共生研究所所長)のご支援を受けて「けいはんなプラザラボ」の一室を借り実験を開始しているのです。 その中で、どのような実験をす […]

    セリンのほうがより簡単なアミノ酸なのに、何故GADVなのですか?

     質問の人 セリン(Serine、Ser、2-アミノ-3-ヒドロキシプロピオン酸)はアミノ酸の中では比較的簡単な構造をもっていると聞きました。まずは簡単なアミノ酸から初期のタンパク質には使用されていくだろうということは想像に難くなく、それならGADVの中にS(セリン)が含まれていないのはおかしいのではないでしょうか? 確かに、セリンはアスパラギン酸やバリンよりも構造の簡単なアミノ酸ですし、原始地球 […]

    SiをCの代わりに使う生物がいたとしたら、GADVからの進化とは別系統になりますか?

    質問の人 Si(シリコン)はC(炭素)と同じ4価の元素です。今日、半導体の世界はSiがベースになっています。Cを用いた有機半導体はこれからですが、日々進展しています。 かようにSiとCは似た者同士です。であるならば、何かの拍子にSiをCの代わりに使う生物がいたりしないでしょうか? また、その場合には、[GADV]-アミノ酸をベースとしたものとは別系統の進化が存在するのではないでしょうか? 私にはC […]

    コドン表の異なる生物はいますか?

     質問の人 コドン表は「普遍遺伝暗号」とも呼ばれています。ということは、全生物で全く同じコドン表を使っているようにも感じられるのですが、コドン表が異なる生物は存在するのでしょうか?進化の過程でコドン表が完成されたということは、コドン表にも揺れがあるのではないかと……。 はい。ミトコンドリアや葉緑体などの細胞小器官ではその遺伝子を翻訳する際、現在多くの(ほとんどの)生物が使用する普遍遺伝暗号とは異な […]

    停止コドンのとの関係性はどうなっているのでしょうか?

    質問の人 GC-NSF(a)新規遺伝子生成仮説の中では、「停止コドンの出にくいのがGC含量の多いDNA配列」ということでした。だから、タンパク質を作りやすい。 とすれば、システムの初期段階で停止コドンという仕組みが先行して形成されていたと考えるのが妥当かと思いますが正しいでしょうか? また、なぜ あのコドンが停止コドンと決められたのでしょうか? GNC原初遺伝暗号が使用されていた頃の停止コドンにつ […]